Японската загуба е предопределена като че ли още от планът и предвижданията на командващите им. Те изхождат от презумцията, че САЩ са в неведение за кампанията, както и, че американският флот е в базата си в Пърл Харбър и няма да може да пристигне навреме, за да помогне на Мидуей. Втората генерална грешка на японското командване е определяне на приоритетите – незнайно как те поставят за цел номер едно унищожаването на американските самолетоносачи, като същевременно обвързат цялата операция със задачи и срокове за завладяване на Мидуей - една невероятно маловажна цел на фона на залозите в битката. Трета – и фатална според мнозина грешка – е разделянето на японският флот на три, с три отделни цели. Идеята е била американският флот да бъде обкръжен при пристигането си, без да се отчита възможността той вече да е на бойното поле…
състои само от подводници, чиято задача е да попречат на американска контраатака; третата група е под командването на адмирал Кондо, със задачата да превземе Мидуей; основните сили са под командването на адмирал Нагумо и включва 4 тежки самолетоносача с повече от 250 самолета. Главното ядро под командването на Ямамото включва самолетоносач, разрушители и линейни кораби, сред които “Ямато” – гигант без съперник, който влиза в бой на много късен етап от войната.

